Sebagai pelaksanaan dari geras besar program bidang pendidikan, maka bersama-sama Majelis Dikdasmen, Majelis Dikti memiliki tugas untuk:
1) Membngaun cetak biru (blue print) pendidikan Muhammadiyah untuk menjawab ketertinggalan pendidikan Muhammadiyah selama ini, dan sebagai langkah antisipasi bagi masa depan pendidikan yang lebih kompleks.
2) Menegaskan posisi dan implementasi nilai Islam, Kemuhammadiyahan, dan kaderisasi dalam seluruh sistem pendidikan Muhammadiyah.
3) Mempercepat proses pengembangan institusi pendidikan Muhammadiyah sebagai pusat keunggulan dengan menyusun standar mutu.
4) Menjadikan mutu sebagai tujuan utama bagi seluruh usaha pengembangan amal usaha pendidikan Muhammadiyah.
5) Mengintegrasikan pengembangan amal usaha pendidikan Muhammadiyah dengan program pengembangan masyarakat.
6) Menyusun sistem pendidikan Muhammadiyah yang berbasis Al-Qur’an dan Sunnah.
7) Mengembangkan program-program penelitian dan pengembangan di bidang pendidikan, ilmu pengetahuan dan teknologi, dan berbagai aspek kehidupan yang penting dan strategis sebagai basis bagi pengambilan kebijakan dan pengembangan kemajuan Persyarikatan.
8) Mengembangkan jaringan dan kerjasama lembaga-lembaga serta pusat-pusat penelitian dan pengembangan di lingkungan Persyarikatan.